Głównym zadaniem Komitetu jest współpraca z Zarządem Głównym PTU w zakresie opracowywania programu naukowego dorocznych kongresów naukowych Stowarzyszenia.

Do członków Komitetu należy dbałość o poziom merytoryczny kongresu. Zajmują się oni zbieraniem propozycji programowych od członków PTU. Sugerują tematy sesji problemowych oraz dobór prelegentów, w tym gości z zagranicy. Do nich należy też zakwalifikowanie bądź odrzucenie nadesłanych prac na podstawie recenzji punktowych wystawianych przez osoby specjalizujące się w danym zagadnieniu (prace wysyłane są do recenzentów anonimowo). Przewodniczący Komitetu przedstawia wstępne propozycje programowe zjazdu Zarządowi Głównemu PTU, a następnie opracowuje szczegółowy program we współpracy z Biurem Kongresowym PTU.

Przewodniczącym Komitetu Naukowego jest prof. dr hab. med. Andrzej Borkowski.